Eingangs wird die „Erschaffung“ der Agenten, ihre Ausbildung, die Tätowierung von Strichcodes auf dem Hinterkopf und die missglückte Flucht zweier Agenten im Kindesalter aus dem Labor gezeigt – sie werden von einem Scharfschützen erschossen. Die Handlung beginnt im Privathaus von Interpol Ermittler Mike Whittier, der nach Hause kommt und von Agent 47 in seinem Arbeitszimmer erwartet wird. Da Whittier seine Waffe in der Küche abgelegt hat, wird der wehrlose Interpol-Ermittler von Agent 47 gezwungen, sich zu setzen. Zudem stellt Agent 47 ihm die Frage, wie ein guter Mensch entscheidet, wann er jemand anderen töten dürfe.

Es folgt eine Rückblende von drei Monaten, in der Agent 47 einen Auftrag im nigerianischen Shanty Town durchführt, wo er einen von einem dort herrschenden Warlord gesuchten Mann als Köder benutzt. Er lässt diesen Mann zuvor Sprengstoff schlucken und näht ihm eine Wanze in den Hals ein, durch die er aus sicherer Entfernung den Warlord belauscht, bis dieser dem Hinterhalt auf die Schliche kommt. Beim Versuch zu fliehen tötet Agent 47 den Warlord durch den Köder, indem er mit einem Fernzünder die Bombe detonieren lässt. Kurz darauf wird Agent 47 bei seinem nächsten Auftrag in St. Petersburg gezeigt. Er erhält die Mitteilung, dass sein Auftraggeber ihm neue Parameter zukommen lassen will und dass er sein Ziel, den russischen Präsidenten Mikhail Belicoff, in der Öffentlichkeit töten muss. Agent 47 ist bei seinem Auftrag erfolgreich, indem er vor dem eigentlichen Mord zunächst einen in der Schusslinie stehenden Leibwächter und dann Belicoff selbst mittels eines Scharfschützengewehrs aus einer Distanz von vier Kilometern tötet. Vor seiner Abreise aus Russland erfährt Agent 47, dass die Zeugin Nika Boronina ihn bei seiner Tat beobachtet haben soll und ebenfalls ausgeschaltet werden muss. Als er ihr auf der Straße gegenüber steht, zögert er, da sie ihn nicht wiedererkennt und ihn offensichtlich nie zuvor gesehen hat. Die Situation eskaliert, als ein Zivilist zufällig eine Kugel abfängt, die für Agent 47 bestimmt war und von einem Agenten der Agentur abgefeuert wurde. Agent 47 taucht in der Menschenmenge unter, während der andere Agent noch versucht, ihn auszuschalten.

Obwohl Agent 47 sich sicher ist, Belicoff getötet zu haben, wird in den Medien berichtet, dass dieser lediglich durch einen Streifschuss verletzt das Attentat überlebt hat.

Agent 47 konfrontiert seine Kontaktperson mit der Frage, wer Nika tot sehen will, da sie keine Zeugin sein kann und weswegen Belicoff in den Medien als leicht verwundet bezeichnet wird. Er erhält allerdings keine Antworten. Just in diesem Moment ziehen außerhalb der Hotelsuite Spezialkräfte auf. Unter ihnen befinden sich Mike Whittier und sein Partner, die den Aufenthaltsort von Agent 47 von einem anonymen Tippgeber erhalten haben. Sie treffen auf den FSB, der von seinem Chefermittler Yuri Marklov bei diesem Einsatz geleitet wird. Marklov sendet ein Sondereinsatzkommando in das Hotel, um Agent 47 festzunehmen. Die ominöse Kontaktperson Diana ruft derweil den Attentäter über ein Telefon an und erklärt ihm, dass Belicoff selbst der Auftraggeber für das auf ihn verübte Attentat war und seine Position von der Agentur verraten wurde. Kurz danach greift das Einsatzkommando an. Bei der anschließenden Flucht von Agent 47 werden 16 Kommandokräfte getötet, während Agent 47 durch einen Sprung vom Balkon in die Newa entkommt.

Agent 47 taucht nicht unter, sondern entscheidet sich dafür, seiner einzigen Spur zu folgen und entführt Nika, die kurz darauf von ihm erfährt, dass ihr Fahrer sie töten sollte. Bei ihrer Verhörung erzählt sie ihm, dass er Belicoffs Doppelgänger getötet haben könnte. Agent 47 glaubt ihr zwar nicht, lässt sie aber dennoch leben.

Die beiden versuchen, mit dem Zug St. Petersburg zu verlassen, werden am Bahnhof aber von vier Agenten abgefangen. Agent 47 tötet drei von ihnen im bewaffneten Nahkampf und erschießt daraufhin den vierten Agenten, der nach einem Verhör nicht sagen wollte, warum er gejagt wird. Kurz darauf trifft er auf Whittier und seinen Partner. Er schießt Whittiers Partner in den Arm, verschont aber sein Leben, da er nicht das Gesicht von Agent 47 gesehen hat. Auch Whittier wird angeschossen, aber die Kugel durchdringt seine Schutzweste nicht, so dass lediglich zwei Rippen gebrochen sind. Nika, die ihm gefolgt ist, bittet um Gnade für Whittier und Agent 47 verzichtet deswegen auf dessen Exekution.

Nachdem Nika und Agent 47 entkommen sind, arrangiert er ein Treffen mit Agent Smith von der CIA, dem er einen Handel vorschlägt. Smith werde ihm in der Zukunft behilflich sein, so lautet seine Bedingung, im Gegenzug tötet Agent 47 Belicoffs Bruder Udre, einen Waffen- und Sklavenhändler. Smith akzeptiert die Bedingung und gibt ihm die nötigen Informationen für die Tat. Agent 47 und Nika reisen nach Istanbul, wo Agent 47 Udre tötet.

Der Tod von Udre dient dem Zweck, Belicoffs Doppelgänger in die Öffentlichkeit zu locken. Er ist zusammen mit Yuri Marklov Teil eines Komplotts mit dem Ziel, eine vom FSB und anderen Hardlinern kontrollierte Marionette an die Spitze Russlands zu setzen. Agent 47 entführt Yuri Marklov und zwingt ihn, seinen eigenen FSB Agenten anzuweisen, Belicoffs Doppelgänger zu töten, wenn dieser die Grabrede für seinen Bruder Udre hält. Agent 47 verkleidet sich als Soldat und fängt Belicoffs Doppelgänger auf der Flucht aus der Kirche ab und tötet ihn. Dann lässt er sich von Whittier verhaften und durch die Reihen des russischen Militärs eskortieren. Während der Fahrt wird der Wagen von Whittier durch den CIA-Agenten Smith aufgehalten, so dass Agent 47 die Flucht ermöglicht wird.

Nach einer Vorausblende auf die anfängliche Situation in Whittiers Haus, macht Agent 47 Whittier ein Angebot. Auf dem Sofa in Whittiers Arbeitszimmer liegt ein toter Agent der Agentur, der mit der Waffe von Whittier getötet wurde. Nach der Unterhaltung sagt Agent 47 zu Whittier, dass er hofft, ihn nie wieder sehen zu müssen, um ihrer beider Willen.

Danach sieht man Nika, wie sie einen Umschlag mit unbekanntem Absender von der Post abholt. Im Umschlag sind die Papiere für ein Weingut, da sie Agent 47 von ihrem Kindheitstraum, ein eigenes Weingut zu besitzen, erzählt hat. Agent 47 beobachtet sie aus der Nähe durch das Zielfernrohr eines Scharfschützengewehrs. Er schaut zu einer Leiche am Boden, sagt, dass sie Nika besser in Ruhe gelassen hätten, dreht sich um und geht.

Quelle: WikiPedia DE