Der Film setzt dort ein, wo der erste Teil aufgehört hat: Alice erwacht in einem Forschungslabor der Umbrella Corporation, in dem sie mit Drogen ruhiggestellt wurde. Sie findet bald heraus, dass sie mit dem T-Virus infiziert ist – dem Virus, das Lebewesen normalerweise zu Zombies mutieren lässt. Bei ihr hat das Virus diese verheerende Auswirkung nicht; ganz im Gegenteil, es hat sie stärker und schneller werden lassen und ihre Sinne geschärft, was sie zu einer unaufhaltsamen Killermaschine – jedoch mit ihrem eigenen freien Willen – macht.

In der Zwischenzeit ist der Hive unvorsichtigerweise von Angestellten von Umbrella geöffnet worden. Als Resultat verbreiten sich das T-Virus und die Zombieplage in ganz Raccoon City. Umbrella verbarrikadiert die Stadt und bereitet eine Evakuierung vor, doch nachdem festgestellt worden ist, dass das Virus sich zu schnell ausbreitet, wird die Stadt vollends abgeriegelt und die überlebenden Bewohner ihrem Schicksal überlassen. Damit die Sache mit dem T-Virus nicht publik wird, plant Umbrella, die Stadt mit einem gezielten Atomschlag zu vernichten, um alle Spuren auszulöschen. Für die Zwischenzeit wird ein Mutantenmonster namens Nemesis auf die Stadt losgelassen, um seine Fähigkeiten in dieser extrem feindseligen Umgebung zu testen.

Kurz nach der Freilassung des Virus war eine überhastete Evakuierung der wichtigsten Umbrella-Mitarbeiter, die in Raccoon City lebten, eingeleitet worden, darunter auch Dr. Ashford, ein leitender Wissenschaftler, und dessen Tochter Angela. Allerdings wurde Angela kurz nach ihrer Abholung in einen Unfall verwickelt und trotz der Bitten ihres Vaters in der Stadt zurückgelassen. Dr. Ashford klinkt sich daher in das Überwachungs- und Kommunikationsnetz der Stadt ein, um seine Tochter zu finden und in Sicherheit zu bringen.

Alice begegnet auf ihrer Suche nach einem Fluchtweg der Polizistin Jill Valentine, ihrem Kollegen Peyton und der Fernsehsprecherin Terri Morales, denen sich noch der Taxifahrer L.J. anschließt. Zudem sind der Elitespezialtrooper Carlos Olivera und sein Freund Nicolai nach einem Einsatz zur Eindämmung der Zombieangriffe, die in einem Fiasko endete, in der Stadt zurückgelassen worden. Diese beiden Gruppen werden von Dr. Ashford kontaktiert; dieser verspricht ihnen eine Fluchtmöglichkeit im Austausch für die Rettung seiner Tochter. Mittels seinen Anweisungen gelingt es ihnen, Angela in ihrer Schule aufzustöbern. Auf dem Weg jedoch wird Peyton von Nemesis getötet. Alice stellt sich Nemesis zum Kampf, so dass die anderen ihren Weg ohne sie fortsetzen. Im Schulgebäude werden Terri und Nicolai von Zombies überfallen und getötet, Angela kann letztlich aber gerettet werden.

Nachdem Dr. Ashford davon erfahren hat, lotst er die Überlebenden zum Rathaus, wo sich ein Hubschrauber befindet, mit dem sie flüchten können. Sie ahnen jedoch nicht, dass der Hubschrauber für die Abholung von Nemesis bereitgestellt wurde; Umbrella hört das Gespräch mit und bereitet einen Hinterhalt vor. In der Zwischenzeit erfahren Alice und die anderen vom wahren Ursprung des T-Virus: Es ist ursprünglich von Dr. Ashford entwickelt worden, um Angela, die wie er an einer unheilbaren, lähmenden Erbkrankheit leidet, wieder das Gehen zu ermöglichen. Umbrella entdeckte aber die Arbeit des Doktors, nahm sie ihm weg und pervertierte sie zu einer neuen Biowaffe. Während sie zum Rathaus fahren, benutzt Alice Terris Videokamera, um ihre Geschichte für die Außenwelt aufzuzeichnen.

Als die Gruppe am Rathaus eintrifft, wird sie überwältigt und gefangengesetzt. Major Cain, der Leiter der Operation Nemesis, verlangt von Alice, sich Nemesis zu stellen; als diese sich weigert, erschießt er kaltblütig Dr. Ashford. Alice tritt gegen Nemesis an und kann sich ihm gegenüber behaupten, doch als sie ihm den Todesstoß versetzen soll, erkennt sie in ihm ihren Schicksalsgefährten aus dem Hive, Matt, wieder. Beide wenden sich daraufhin gegen die Umbrellasöldner, doch Matt kommt dabei ums Leben. Der Rest der Gruppe schafft es, kurz vor dem Atomschlag zu starten, doch die Druckwelle lässt den Hubschrauber abstürzen. Alice wird dabei tödlich verletzt, ihre Leiche wird später im Wrack des Hubschraubers gefunden.

Einige Zeit vergeht; die Umbrella Corporation hat es geschafft, den Zwischenfall in Raccoon City mit der Behauptung eines Atomunfalls zu vertuschen. In einem geheimen Labor erwacht Alice wieder zum Leben, allerdings zunächst ohne Gedächtnis. Doch schnell erinnert sie sich wieder an alles und flieht aus dem Labor, wobei Jill, Carlos und LJ, verkleidet als Umbrella-Troopers, ihr zu Hilfe kommen. Doch bei ihrer Flucht hat Alice erschreckende neue Fähigkeiten zutage gebracht, und der Leiter des Labors, Dr. Isaacs, aktiviert ein neues Programm unter dem Namen Alice.

Quelle: WikiPedia DE